Mlýn stával v Horažďovicích už v roce 1360, a to na stejném místě jako dnes. Do současné podoby byl přestavěn na přelomu 19. a 20. století a takovým s i dochoval, protože leží v památkově chráněné oblasti a majitel nemovitosti si nemůže jen tak usmyslet podobu budovy změnit.
Do roku 1948 patřil mlýn rodině Miňovských, ta ho však neprovozovala, ale pronajímala. Mlýn se tedy v paměti místních uvízl spíše podle příjmení pronajímatelů, a to jako Karlíkův nebo Paškův. V roce 1948 se mlýn stává součástí národního podniku Mlýny Plzeň, později Mlýny a těstárny Pardubice a nakonec národní podnik Plzeňské mlýny.
Elektrickou energií mlýn zásobovaly dvě Knoppovy turbíny, v roce 1959 byly rozebrány. Až do roku 1978 se v původní budově mlelo obilí, ale tento rok znamenal pro pracovníky mlýna velkou změnu. Mlýn byl přestavěn na míchárnu moučných směsí a začaly se tady vyrábět pekařské a cukrářské přípravky a knedlíkové směsi. V roce 1991 mlýn získala zpět rodina Miňovských, a přesněji vnuk původního majitel Josef Brabec. Dne 25. 10. 1991 zakládá firmu Josef Brabec, mlýn Horažďovice-Zářečí. Při výrobě pekařských směsí se používalo tolik surovin, že činnost firmy byla v témže roce rozšířena a pekaře i cukráře začala zásobovat surovinami, které potřebovali pro výrobu svých produktů.
Protože vývoj jde dopředu, bylo potřeba vytvořit zázemí pro zaměstnance, kanceláře, laboratoř, garáže a další prostory pro výrobu. Jako nejvhodnější řešení se ukázalo v roce 2000 zcela přestavět a zprovoznit jednu starší budovu, která do té doby sloužila jako sklad uhlí, sklep a odkladiště nepotřebného materiálu. O dva roky později se začíná opravovat další budova, kde byly byty, kanceláře a zázemí a která už požadavkům nevyhovovala. Vznikl v ní sklad surovin pro výrobu a prodej.
Dnes si zákazníci z horažďovického mlýna objednávají nejen směsi pro gastronomické provozy, jako jsou knedlíkové směsi a další přílohy – bramborová kaše, bramborák, halušky, pizzy a langoše, ale také sladké směsi na výrobu bábovek, bublaniny, kakaového řezu, lineckého těsta, lívanců, perníku, palačinek a muffin. V nabídce jsou také instantní mouky z cizrny, rýže, kukuřice, ječmene, pšenice, žita a ovsa.